Байкальская нерпа по современной классификации относится к семейству настоящих тюленей (Phocidae), роду Pusa. Исследователи (в частности, К. К. Чапский, широко известный в России и за рубежом специалист по ластоногим) считают, что байкальская нерпа произошла от общего с северным кольчатым тюленем предка. При этом родоначальные формы этих двух видов более поздние, чем каспийский тюлень.